Landsráðstefna SHA, haldin 27.-28. nóvember 2009 sendi frá sér eftirfarandi ályktun um málefni Varnarmálastofnunnar:
Landsráðstefna Samtaka hernaðarandstæðinga minnir á að samtökin gagnrýndu á sínum tíma harðlega stofnun Varnarmálastofnunnar. Bent var á að stofnunin hefði engu sýnilegu hlutverki að gegna og myndi líklega á undraskjótum tíma breytast í peningahít. Allir þessir spádómar hafa nú ræst. Varnarmálastofnun er sífellt í fréttum í tengslum við ábyrgðarlausa nýtingu á almannafé. Verkefni hennar eru léttvæg og eina markmið stofnunarinnar virðist fólgið í því að finna eigin tilverugrundvöll.
SHA leggja til að Varnarmálastofnun verði tafarlaust lögð niður. Borgaraleg verkefni hennar, sem mikilvæg teljast, verði falin öðrum ríkisstofnunum en hinum hætt. Þá verði tekið fyrir heræfingar NATO-sveita hér á landi og svokölluðu „loftrýmiseftirliti“ NATO-ríkja hætt nú þegar.